《从尿道往里注水疼痛》在一次银行抢劫案中，号称双响炮的阿秋（吴耀汉 饰）和贝多芬（岑建勋 饰）与科学犯罪调查专家文（许冠文 饰）相遇他们的本事虽是各有千秋，情谊也深厚如漆，但两人的关系自科学家文的出现之后就变得微妙起来。之后的另一次珠宝抢劫案，他们再次合作，但文却在此次行动中大出风头。而文也是一身的麻烦尚未抖清，自己的妻子（胡因梦 饰）与姓杨的富商在商场约会被自己撞见，从而大受刺激，于是展开一场报复行动，阿秋与贝多芬在法律与友谊之间难以抉择……