《仙女快乐棒12厘米》一起发生于丰后关前藩的意外，让磐音失去了两个发小。伤心的磐音决意离开家乡，于是告别了未婚妻奈绪，成为了一名漂泊无主的武士。磐音在江户的一间长屋中开始了自己的新生活，经屋主金兵卫的介绍，磐音白天在鳗鱼店做伙计，晚上在当铺老板今津的屋里做保镖。他温柔的秉性和出色的剑道慢慢赢得了周围人的信任，也虏获了金卫兵女儿的芳心。就在这时，磐音却被卷入了幕府流通的新货币阴谋之中。为了保护在江户遇到的这些重要之人，磐音必须将哀痛搁置心中，与恶势力进行对抗。