《格格导航黑科技破解版》自从成功研发“绝世好Bra”后，Lena（梁咏琪 饰）、Johnny（刘青云 饰）跟Wayne（古天乐 饰）再次受命研发以“绝世好B”为卖点的一系列婴儿产品Johnny升职为部门主管，聘请了十分神经质的秘书Sabrina（关之琳 饰）。Wayne与Lena也早已确定了恋爱关系，更有了结婚的打算。Wayne对婴儿有恐惧症，对三人的研究任务带来的诸多不便。总公司派来了儿童行为专家Boey来协助他们的研究，Boey的特殊能力使Wayne对她刮目相看，两人对彼此有了特别的感觉。研究的过程中错漏百出，产品还没有研究成功，众人之间的关系已经十分复杂。时限将到，他们还是顺利研究出一个可以解读婴儿语言的“绝世好B”，Johnny与Wayne也知道了自己的最爱。