《薰衣草秘密研究所最新通道》平静的湖畔小镇，疼爱儿子的单亲妈妈早织（安藤樱饰）、为学生着想的爽直老师保利（永山瑛太饰）以及天真烂漫的孩子们本过着安稳的生活，却因为一次校园冲突，发酵酿成轩然大波，惹起社会与媒体的关注。当事态越见严重，竟在一个暴风雨的清晨，两个孩子双双失去了踪影……