《我被系统渐渐改造成了女》故事围绕两个13岁的男孩展开，他们的关系长久以来非常亲密，但同学之间对他们的关系产生猜忌，使他们不得不分道扬镳。而当一场悲剧发生时，其中一个男孩被迫面对他为什么与他最亲密的朋友疏远。