《薰衣草秘密研究所最新通道》大陆卧底公安巩伟（李连杰 饰）因工作关系，不能给与重病的妻子更多照顾，也不能为懂事又武艺高强的儿子巩固（谢苗 饰）提供更多关怀，在妻儿急需要他的时候，巩伟因上司的命令，假扮罪犯，和大陆抓获的香港黑道分子小黑（柯受良 饰）一同逃跑，踏上了远赴香港甫光（于荣光 饰）团伙卧底的旅途巩伟与甫光团伙在炸弹交易中黑吃黑，混战中搭救了香港督查方逸华（梅艳芳 饰），并凭借出色身手得到了甫光的信任。方逸华来到北京调查巩伟身份，获知真相，并在巩妻去世后带领巩固至香港寻父，方逸华上司将巩伟巩固父子身份暴露，使巩伟处境危险，而此刻甫光策划的拍卖抢劫行动亦迫在眉睫……