《樱花味少女仙m水晶棒》故事的背景设定在一个大部分人类已经死亡的末日世界中，主宰着这个世界里的生杀大权的，是那些变异了的冷血动物。仅剩的人类为了求生被迫迁入地下堡垒中，终日生活在胆战心惊里。乔伊（迪伦·奥布莱恩DylanO'Brien饰）在七年前的大灾难里同女友艾米（杰西卡·亨维克JessicaHenwick饰）走散，如今他们身居两个不同的地堡中，靠着无线电联系。