《樱花味少女仙m水晶棒》在很远很远的地方，有一个神奇的魔法王国——诺亚王国，诺亚王国的国王因事务繁忙常常无法陪伴小女儿莉莉公主，缺少父母陪伴的莉莉公主从魔法学校离开独自跑到魔法集市，天性精灵古怪、好奇爱玩的莉莉跟着魔法宠物来到阿普斯女王统治下的魔法宠物王国，阿普斯女王决定好好管教这个淘气又任性的小公主，莉莉公主沦为魔法城堡制作宠物的工人并被女王各种刁难。与此同时来自另一王国的两个反派坏蛋格鲁鲁和法沙也偷偷潜入女王的王宫准备偷取魔法宠物。忙于处理国事的国王被魔法学校的甘道夫院长告知女儿莉莉公主不见了，国王心急如焚丢下政务和公主的几个小伙伴踏上了寻找和解救公主的旅程……